高活力88发酵剂中的有益细菌和微生物起的作用就是与有害菌和致病菌相反的。他们净化环境，抑杀有害细菌，并制造有益于环境的微生态环境。比如说，乳酸链球菌就是有益细菌之一，它除了产生乳酸抑制有害菌外，还可产生抗菌素如乳酸链球菌素，既使是难以制服的芽孢杆菌也能抑杀。与此同时，它们还会对这些潲水发酵改性，提高营养价值和饲用价值。
绝大多数的有害细菌喜欢好氧的环境，即有空气或氧气存在的环境。与之相反，绝大多数的有益细菌喜欢厌氧的环境或者说没有空气的密封环境。这是高活力88发酵剂抑杀有害细菌的机制之一。
有益细菌不仅喜欢厌氧的环境，同时也能适应有氧的环境，是兼性厌氧菌，在有氧气存在的时候，它们会尽快地消耗氧气，使这个微环境尽快地进入厌氧的状态，同时也就抑制的有害细菌的生长繁殖，所以说，在用高活力88发酵剂对潲水的发酵处理中，要把物料尽量进行密封，密封发酵才能比较顺利地进行，在密封和无氧的微环境中，有害的细菌绝大多数都无法生长繁殖，从而有害菌也就不能使潲水发臭和产生氨味及酸败等，密封是发酵的先决条件之一。
厌氧的环境可以抑制有害细菌，这也就是发酵能长久保存饲料的一个原因之一。
绝大多数有益细菌喜欢偏酸性的环境，相反，绝大多数的有害细菌喜欢偏碱性的环境。这是高活力88发酵剂中微生物抑杀有害细菌的另外一个机制之一。
高活力88发酵剂中的有益细菌，不仅是喜欢偏酸性的环境，而且与上面说的会尽快造成厌氧环境一样，它们也会尽快造成一个偏酸性的环境，从而迅速地让有害细菌不能生长繁殖，从而可以长久保存饲料不变质。这就是为什么我们发酵的饲料是酸性的原因，再有，酸性的饲料适口性也更好，动物喜吃。
这里需要澄清一个事，我们说食物酸败，这里的酸败与有益菌造成的酸性环境有本质的不同，我们常说的食物酸败中的酸，主要是指有害细菌如丁酸菌、丙酸菌所产生的丁酸、丙酸等低链脂肪酸，及醛酸等，这些酸是一种腐败的气味，而乳酸菌等有益菌产生的乳酸、葡萄糖酸、延胡索酸、苹果酸等有机酸是气味良好的酸，这是不同的。
有害细菌中也有少数菌是耐酸的，如丁酸菌、丙酸菌、它们可在厌氧情况下破坏蛋白质，脱氨产氨臭气，并产丁酸、丙酸等，但它们耐酸的程度不如有益细菌，在发酵潲水等糟渣时，有益细菌产生的有机酸达到1.5%时，丁酸菌和丙酸菌可以完全被抑制，不再生长繁殖和危害饲料，而与此同时，产有机酸达1.5-2.0%时，有益细菌本身也被抑制活动了，不再产酸了，也不会再生长了，所以，发酵产酸不是无限的，达到一定程度后，就不再产酸下去了，这个产酸程度大约就是2%（用高活力88发酵剂液体发酵制作保健液时例外，可达到5%）。至此，这时的PH值大约在4.5到5之间，几乎所有的有害细菌都不能再生长繁殖下去，并且在有益菌的包围和折磨下慢慢死亡，从而有效地保证了饲料的品质。
